Die meisten werden wissen, dass es zwei Ligen gibt, die National League (NL) als die ältere und die American League (AL). Beide Ligen bestehen zur Zeit aus je 15 Clubs, aufgeteilt in je drei Divisionen: East, Central und West.

Als Unterbau existieren eine ganze Reihe von Minor Leagues. Diese sind in diverse Stufen eingeteilt: Triple-A als höchste, Double-A und etliche Versionen von Class A als niedrigste.

Die Clubs dieser unteren Ligen spielen die Rolle von Farmteams, dort werden die Spieler ausgebildet.

Die Struktur der AAA-Ligen ist die einfachste: Es gibt genau zwei davon, nämlich die International League (IL) und die Pacific Coast League (PCL). Jeder Club der MLB hat einen ihm zugeordneten Club in einer der beiden Ligen. Die eher östlich gelegenen in der IL, die westlichen in der PCL.

Beide Ligen sind in Divisionen eingeteilt, die PCL besitzt zusätzlich zunächst zwei Conferences, American und Pacific.

Die Double-A Ligen sind ähnlich strukturiert, es gibt allerdings davon drei, was die Reisewege verkürzt. Dies sind die Eastern League, Southern League und Texas League.

Die Eastern League umfasst zwei Divisionen zu je 6 Clubs, also insgesamt 12. Die Southern League umfasst ebenfalls zwei Divisionen, allerdings zu je 5 Teams, insgesamt 10. Die Texas League umfasst zwei Divisionen zu je 4 Teams, also insgesamt 8. Zusammen haben wir da auch wieder 30 Clubs, jeder wiederum einem Major League Club zugeordnet.

Viel früher gab es Ligen in der Klassifikation A, B bis hinunter zu D. Demgemäß spalten sich die Ligen der Class A noch weiter auf: Wir haben da Class A Advanced, Class A und die Short Season Leagues Class A Short Season, Rookie Advanced und Rookie. Diese sind reine Ausbildungsligen mit deutlich verkürzter Spielsaison.

Abseits dieser Struktur existieren noch mehrere Independent Leagues, die dem Namen entsprechend unabhängig von den Major Leagues operieren, wohl aber durchaus professionell organisiert sind.